O miejscu:
Dolina Noteci obejmuje fragment Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej, począwszy od zachodnich przedmieść Bydgoszczy (Prądy) na wschodzie, po Wieleń na zachodzie. W odróżnieniu od Doliny Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego (obszaru OSO) obszar Dolina Noteci obejmuje nie tylko dno pradoliny, lecz również fragmenty jej zboczy, zwłaszcza północnej krawędzi, na styku z Pojezierzem Krajeńskim.
Dolina jest położona na terenie dwóch województw i siedmiu powiatów: czarnkowsko-trzcianeckiego, pilskiego, chodzieskiego, wągrowieckiego, nakielskiego, bydgoskiego i miasta Bydgoszczy.
W zachodniej części chronionego obszaru płynie rzeka Noteć, zaś we wschodniej (od Nakła do Bydgoszczy) - Kanał Bydgoski, wybudowany w 1774 r., łączący dorzecza Odry i Wisły.
Część obszaru zajmują torfowiska niskie pokryte przez zalewowe łąki i trzcinowiska. Wyspowo występują zarośla i zadrzewienia. Na zboczach doliny znajdują się płaty muraw kserotermicznych. W okolicach Goraja, Pianiówki i Góry oraz Ślesina występują lasy: buczyny i dąbrowy, w tym m.in. ciepłolubne dąbrowy i grądy zboczowe. Teren przecinają kanały i rowy odwadniające. Liczne są zbiorniki astatyczne – starorzecza i torfianki. Miejscami występują rozległe płaty lasów łęgowych. Na większości obszaru występują intensywnie użytkowane łąki.
Między dnem doliny a skrajem wysoczyzny występują znaczne deniwelacje terenu, miejscami należące do największych na Niżu Polskim (Góry Rzadkowskie 187 m n.p.m., Dębowa Góra 193 m n.p.m., wobec dna pradoliny 37–54 m n.p.m.).
Obszar obejmuje bogatą mozaikę siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej (15 rodzajów), z priorytetowymi lasami łęgowymi i dobrze zachowanymi kompleksami łąkowymi, choć łącznie zajmują one poniżej 20% powierzchni obszaru.
W Dolinie Noteci notowano m.in.:
22 gatunki ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej,
rośliny (starodub łąkowy), bezkręgowce (czerwończyk fioletek), ryby (boleń, piskorz, głowacz białopłetwy), płazy (kumak nizinny) i ssaki (bóbr europejski, wydra europejska), wymienione w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej.
Rekomendowana jest również restytucja na tym terenie łątki ozdobnej, występującej w okolicach Nakła na początku XX w.
Obszar częściowo pokrywa się z ostoją ptasią o randze europejskiej E-33 Nadnoteckie Łęgi. Jest to również ważny korytarz ekologiczny o randze międzynarodowej.