~~L'installation humaine semble avérée à Marcigny depuis l'époque gallo-romaine, sans doute au IIème siècle ap. J.-C.. Son nom ancien de "Marciniacus" semble indiquer que ce site en bord d'une voie romaine et de la Loire appartenait à un riche patricien "Marcinius".
La ville est resté une modeste bourgade de pêcheurs en bordure de Loire autour d'une humble église et ce jusqu'à l'arrivée des barons de Semur vers le Xe siècle.
En 1054, Saint Hugues, fils de Dalmace Ier de Semur et devenu abbé de Cluny, fonda à Marcigny un petit monastère puis surtout le premier prieuré de Bénédictines dépendant de Cluny, le prieuré de La Trinité qui resta jusqu'à la Révolution l'un des trois plus importants monastères pour religieuses de l'abbaye de Cluny. Saint Hugues fut secondé dans cette installation par son frère Geoffroy qui lui fit don des terres qu'il possédait à Marcigny.
Ce prieuré se développa rapidement accueillant jusqu'à 99 bénédictines et de 15 à 30 moines bénédictins.
La ville devint alors une proie de choix pour des attaques et pillages.
Elle fut prise par les Tard-Venus en 1362,puis elle fut assiégée notamment par le prince Noir en 1366, par les troupes du dauphin de France en 1420, par le comte de Clermont en 1431, par le duc de Bourgogne en 1438, par le prince de Condé en 1576, par le duc de Mayenne en 1582, par le comte de Tavannes en 1589 et par le marquis de Saint-Martin en 1591.
Cette succession de fait d'armes incitèrent à construire une première enceinte fortifiée (fin XIVe) autour de la ville puis un château fortifié construit par les ducs de Bourgogne pour s'opposer au duché de Bourbon (début XVe siècle).
La plus grande partie de l'enceinte et du château furent rasés au XVIIe siècle, le reste le fut au XIXe siècle.
Le prieuré de Marcigny reçut au cours de son histoire des membres de grandes familles d'Europe, notamment Adèle de Blois, fille de Guillaume le Conquérant, qui y mourut en 1137, Raingarde de Semur, qui y mourut en 1134.
La prieure accueillit également le Cardinal de Richelieu, Premier ministre de Louis XIII, de passage à Marcigny le 12 septembre 1642. La ville continua de prospérer jusqu'à la Révolution grâce à son prieuré, lequel fut alors fermé puis vendu comme bien national, ce qui entraîna la destruction de la majorité de ses bâtiments.
C’est aux alentours de 1410 que Jean sans Peur, duc de Bourgogne et allié du roi d’Angleterre, fit construire cette tour pour défendre Marcigny et son prieuré des incursions du seigneur du Bourbonnais, partisan du roi de France. Située à l’extrémité est du prieuré, et dernier vestige majeur des fortifications de la ville (présence de meurtrières et de trous de couleuvrines), elle mesure 26m de hauteur (14m de toit et 12 m de murs) pour 12 m de large. Ses murs ont une épaisseur impressionnante : de 2,80 m à la base, ils finissent en hauteur à 1,20 m. Les proportions sont intéressantes…
Mis à part ses proportions, un autre élément laisse songeur : sur la façade sont sculptées des sortes de demi-boules, ce que l’on appelle des bossages ou gibbosités. Chacun y va de son explication, de la représentation de mamelles nourricières au symbole de boulets ne pouvant entamer la tour, d’une carte du ciel inversée ou simple décoration de tailleur de pierre.
Effectivement, certaines de ces boules ont une forme ne laissant presque aucun doute.
Quoi qu’il en soit, la tour du moulin, ayant servi jusqu’au XVIIIe siècle, devint le musée municipal en 1913.